Виявлення та ідентифікації шигатоксин продукуючих штамів бактерій E. coli методом полімеразної ланцюгової реакції

Abstract

Основою даних досліджень було попередньо проведена характеристика оригінальних олігонуклеотидних праймерів до генів stx2 та eae. Перевірено специфічність та дана характеристика оригінальних олігонуклеотидних праймерів до генів stx2 та eae, як засобів для молекулярно-генетичного аналізу (виявлення та ідентифікації) шигатоксин продукуючих штамів бактерій E. coli. Для перевірки специфічності та чутливості синтезованих праймерів, як можливе джерело цільових генів, були використані штами E.coli серотипів О157, О145 та О111з Національної колекції штамів мікроорганізмів. Ген stx2 був виявлений у штаму E.coli серотипу О157, а ген eae – у штаму E.coli серотипу О145. Целью данной работы является разработка средств для молекулярно-генетического анализа (определение и идентификация) шигатоксин продуцирующих штаммов бактерий E. coli. Анализ продуктов амплификации проводили путем разделения фрагментов ДНК в 1,5 % геле агарозы (Sigma,США). Расслоение полос ДНК на полученной електрофореграмме и их регистрацию определяли с помощью “MolecularImageGelDocXR+”. Проверено специфичность оригинальных олигонуклеотидных праймеров к гену stx2 и гену eae. Определена характеристика гена stx2 и гена eae, как средств для молекулярно-генетического анализа шигатоксин продуцирующих штаммов бактерий E. coli с целью их выявления и идентификации. Проведенными исследованиями установлено, что оптимальным температурным режимом для обеих пар праймеров является температура 65°С. Для определения чувствительности разработанных праймеров, были приготовлены 10 кратные последовательные разведения очищенной бактериальной ДНК. Концентрация очищенной ДНК положительных образцов была определена спектрофотометрическим методом и составляла для штамма О145 - 22,28 нг/0,001 см3 (ген eae) и 20,70 нг/0,001 см3 для штамма О157 (ген stx2) Проверена специфичность и чувствительность синтезированных праймеров на штаммах E.coli серотипов О157, О145 и О111з Национальной коллекции штаммов микроорганизмов. Данные праймеры предполагается использовать как источник целевых генов: гена stx2 и гена eae. Ген stx2 был выявленный у штамма E. coli серотипа О157, а ген eae – у штамма E. coli серотипа О145.